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一九五五年澳門天主教耶穌會利瑪竇會院故前院長安徽德神父見本澳失學兒 童甚夥，欲建一健全之平民學校。前主教高德華氏聞而稱善，並即撥西環燒灰爐大洋房一座，以作校舍。利瑪竇學校乃告開辦。繼安徽德神父後，校政暫由明勵志神父主持。

一九五七年傅雅谷神父蒞任。奉會長之命兼管本校，增初中及夜間部，同年，於西側增建校舍一所（小學分校）。當時學生已達千餘。一九六零年再擇山水圍地段添加三層新型校舍（中學部）。

一九六二年夏，矢如直神父接管校政。同年增設高中暨中學夜間部。至此本校己發展為完全中學。 

一九六五年夏，剛毅德神父接管本校，至一九七七年，歷時十二年。

一九七七年周國祥神父接管校政後，建樹良多，且擬擴班增額，於初中一年級兼收女生。

一九七八年始，連民安神父接管本校，除按照方案於中一開始兼收女生外，諸事均循序漸進，校務日見上升，惜連校長主政至一九八一年，即奉命調回香港，由谷紀賢神父前來接管校政，至一九八二年七月調職返港。

一九八二年七月，譚志清神父隨即兼任本校校長，主理海星及利瑪竇兩校之校政。

一九八九年七月，校長一職交予耶穌會院長呂碩基神父執掌。呂神父極重視學生德、智、體、群、美之均衡發展。接管校政一年來，力促學生修身進德、勤勉學業、尊師守紀、整潔校容。課餘時間更開展體育康樂活動，成績斐然。隨後繼續積極改進學校制度和教務，而興趣科便是一大突破。項目凡七十多種，藉此增強學生的全人的教育，自信和對生命的興緻。